Adapun operasional bus sekolah Weda Bay Project dijadwalkan setiap hari. Bus yang melayani rute Desa Kobe sampai Desa Sawai Itepo dimulai pukul 06.00 dari Gereja Immanuel Baru ke titik penjemputan 2 lalu ke SMPN 17 Halmahera Tengah, bus lainnya dari SD Lukulamo ke SMPN 9 Halmahera Tengah dan SMK 2 Halmahera Tengah. 

Kemudian untuk pulang sekolah, bus melayani mulai 13.00 dari SMP N 17 Halmahera Tengah ke titik penjemputan 2 lalu ke Gereja Immanuel Baru dan dari SMP 9 Halmahera Tengah dan SMK 2 Halmahera Tengah menuju SD Lukulamo. 

Sementara untuk rute dan jadwal di Halmahera Timur, dimulai pukul 06.00 sampai 06.30 dari Desa Jikomoi, Waijoi, Saolat, Minamin, lalu menuju ke Desa Nusa Jaya sebagai titik terakhir di  SMAN 4 Halmahera Timur dan SMK 2 Halmahera Timur dan SMP N 13 Wasile. 

Penjemputan dimulai pukul 13.00 setiap hari Senin sampai Kamis dan Sabtu. Hari Jumat penjemputan setiap pukul 11.30 WIT. 

Bupati Halmahera Timur, Drs. Ubaid Yakub menyampaikan terima kasih atas bantuan bus sekolah dari IWIP dan WBN. Ini sejalan dengan kebutuhan daerah terhadap akses transportasi yang mudah bagi siswa-siswi terlebih di kecamatan Wasile Selatan. 

“Bantuan bus sekolah ini sangat penting, sangat dibutuhkan terutama wilayah Wasile Selatan. Karena, jarak antara rumah-rumah siswa ke sekolah sangat jauh. Kedepan, mudah-mudahan jalinan kerja sama dan dukungan seperti ini terus berlanjut,” tuturnya.  

Apresiasi juga disampaikan Kepala SMPN 17 Halmahera Tengah, Dedy C.H. Kaijely. Menurutnya, kehadiran bus sekolah menjadi solusi atas persoalan transportasi yang menyebabkan banyak siswa terlambat mengikuti kegiatan belajar mengajar.