Pada tanggal 17 Agustus 1956 Presiden Soekarno mengumumkan pembentukan Propinsi Perjuangan Irian Barat dengan Ibukota sementara di Soasio Tidore dan menetapkan Sultan Zainal Abidin Syah sebagai Gubernur sementara Propinsi Perjuangan Irian Barat (SK Presiden RI No. 142/Tahun 1956 tanggal 23 September 1956).

Selanjutnya sesuai SK Presiden RI No. 220/Tahun 1961 tanggal 4 Mei 1961, beliau ditetapkan sebagai Gubernur tetap Propinsi Irian Barat. Pada tahun 1961 terjadi pergantian pimpinan pemerintahan dari Sultan Zainal Abidin Syah kepada Bapak P. Pamuji sebagai Gubernur Irian Barat (1961 -1962).

Masa Transisi tahun 1962 S/D 1990. Zulkifli menyampaikan setelah perjuangan pengembalian Irian Barat mencapai puncaknya, maka dibentuklah Propinsi Irian Barat Bentuk Baru berdasarkan Penetapan Presiden RI Nomor 1 Tahun 1962 dan bekas wilayah Swapraja Tidore yang terdiri dari 6 (enam) Kecamatan dikembalikan ke dalam wilayah Propinsi Maluku tanpa status yang  jelas.

Dalam kondisi yang demikian, Gubernur Maluku menetapkan kebijakan dengan suratnya Nomor : Seker.S/14/30 tanggal 20 Juli 1962 dan Nomor : Seker.S/20/9 tanggal 23 Oktober 1962, dengan arahan sebagai  berikut :

Daerah pemulangan dari Propinsi Irian Barat sementara disebut Irian Barat Lama dan ditunjuk Bapak Hasyim Assegaf sebagai Pimpinan Kantor Irian Barat Lama yang bertindak atas nama Gubernur Maluku (1962 s/d September 1965). Urusan bidang otonomi berada di bawah Pimpinan Kantor Irian Barat Lama sedangkan urusan bidang pusat diserahkan kepada Bupati Kepala Daerah Tingkat II Maluku Utara di Ternate.